A Farmakognóziai Intézet feladata a Gyógyszerész Kar graduális képzésében a Farmakobotanika és Farmakognózia, valamint a Növények a terápiában és táplálkozásban c. kötelező tárgyak, valamint kötelezően és szabadon választható tantárgyak elméleti és gyakorlati oktatása. Az intézet részt vesz a rezidens képzésben is.
